COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 4.844236 4.844236 5.476362
2021-05-28 17:00:00 5.163768 5.163768 5.570693
2021-05-27 17:00:00 5.687444 5.687444 5.704225
2021-05-26 17:00:00 5.079672 5.079672 5.796699
2021-05-25 17:00:00 4.623946 4.623946 5.856015
2021-05-24 17:00:00 7.429066 7.429066 6.022173
2021-05-23 17:00:00 6.192358 6.192358 6.194506

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 5.334627 5.334627 5.218379
2021-05-28 17:00:00 4.261645 4.261645 5.352389
2021-05-27 17:00:00 5.079365 5.079365 5.423269
2021-05-26 17:00:00 6.208843 6.208843 5.511201
2021-05-25 17:00:00 2.962963 3.761166 5.425433
2021-05-24 17:00:00 5.281690 5.832549 5.273799
2021-05-23 17:00:00 6.390977 6.390977 5.342591

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 10.747664 10.747664 12.857830
2021-05-28 17:00:00 18.210863 18.210863 12.956545
2021-05-27 17:00:00 13.022113 13.022113 12.925687
2021-05-26 17:00:00 13.121272 13.121272 12.944154
2021-05-25 17:00:00 10.288066 10.288066 13.047926
2021-05-24 17:00:00 3.448276 12.383178 12.672635
2021-05-23 17:00:00 11.692308 11.692308 12.933571

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 5.789990 5.789990 5.330478
2021-05-28 17:00:00 4.502573 4.502573 5.543909
2021-05-27 17:00:00 6.661865 6.661865 5.847121
2021-05-26 17:00:00 6.231003 6.231003 6.036012
2021-05-25 17:00:00 3.840925 3.840925 6.071031
2021-05-24 17:00:00 5.733006 2.600297 6.034706
2021-05-23 17:00:00 6.490952 6.490952 6.214750

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 4.015528 4.015528 5.417120
2021-05-28 17:00:00 6.497752 6.497752 5.488004
2021-05-27 17:00:00 5.692012 5.692012 5.658801
2021-05-26 17:00:00 5.364283 5.364283 5.721117
2021-05-25 17:00:00 5.516685 5.516685 5.799440
2021-05-24 17:00:00 19.599218 4.453576 6.005343
2021-05-23 17:00:00 6.525353 6.525353 6.282003

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 12.556054 12.556054 11.841527
2021-05-28 17:00:00 11.476868 11.476868 12.285999
2021-05-27 17:00:00 12.301216 12.301216 12.737172
2021-05-26 17:00:00 8.665377 8.665377 12.814003
2021-05-25 17:00:00 6.945643 13.244176 12.873410
2021-05-24 17:00:00 25.609756 13.938053 13.210843
2021-05-23 17:00:00 13.230088 13.230088 13.530532

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 3.830645 2.264685 2.197505
2021-05-28 17:00:00 1.474719 1.474719 2.254169
2021-05-27 17:00:00 2.588235 2.588235 2.321033
2021-05-26 17:00:00 2.061856 2.061856 2.393722
2021-05-25 17:00:00 2.439024 2.439024 2.461760
2021-05-24 17:00:00 0.468384 2.439024 2.517217
2021-05-23 17:00:00 2.211127 2.211127 2.576422

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 3.857753 3.857753 3.050712
2021-05-28 17:00:00 2.972484 2.972484 3.076242
2021-05-27 17:00:00 3.579574 3.579574 3.127888
2021-05-26 17:00:00 2.578030 2.578030 3.125630
2021-05-25 17:00:00 2.464789 2.464789 3.108604
2021-05-24 17:00:00 5.368634 2.367248 3.095022
2021-05-23 17:00:00 3.967720 3.967720 3.130185

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 3.687050 3.687050 3.249983
2021-05-28 17:00:00 3.473302 3.473302 3.240485
2021-05-27 17:00:00 2.625938 2.625938 3.354172
2021-05-26 17:00:00 3.741153 3.741153 3.431733
2021-05-25 17:00:00 2.485457 2.485457 3.500094
2021-05-24 17:00:00 4.983660 3.225806 3.511353
2021-05-23 17:00:00 5.405405 3.087570 3.573481

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 4.187209 4.187209 4.681449
2021-05-28 17:00:00 4.531121 4.531121 4.765171
2021-05-27 17:00:00 5.162778 5.162778 4.910527
2021-05-26 17:00:00 5.070809 5.070809 5.023149
2021-05-25 17:00:00 4.389777 3.494568 5.090119
2021-05-24 17:00:00 3.570404 4.715663 5.135649
2021-05-23 17:00:00 5.629008 5.629008 5.236576

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 5.511288 5.511288 6.197062
2021-05-28 17:00:00 6.109134 6.109134 6.443647
2021-05-27 17:00:00 8.195849 8.195849 6.705041
2021-05-26 17:00:00 6.629834 6.629834 6.760442
2021-05-25 17:00:00 5.707932 5.707932 6.816635
2021-05-24 17:00:00 12.803532 3.440095 6.711042
2021-05-23 17:00:00 5.664373 5.664373 6.944059

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 0.537634 0.537634 1.333220
2021-05-28 17:00:00 1.633987 1.633987 1.366587
2021-05-27 17:00:00 2.217742 2.217742 1.355742
2021-05-26 17:00:00 2.008929 2.008929 1.380537
2021-05-25 17:00:00 0.282486 0.282486 1.351891
2021-05-24 17:00:00 0.609756 0.609756 1.332004
2021-05-23 17:00:00 1.145038 1.145038 1.393726

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 4.857820 4.857820 6.098732
2021-05-28 17:00:00 7.324365 7.324365 6.144381
2021-05-27 17:00:00 9.190672 9.190672 6.225524
2021-05-26 17:00:00 8.439898 8.439898 6.423963
2021-05-25 17:00:00 4.968944 2.308802 6.643861
2021-05-24 17:00:00 6.463878 2.541106 6.994703
2021-05-23 17:00:00 8.536585 8.536585 7.015045

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 3.269755 3.269755 4.159758
2021-05-28 17:00:00 4.901961 4.901961 4.145275
2021-05-27 17:00:00 5.221339 5.221339 4.187386
2021-05-26 17:00:00 4.433498 4.433498 4.321469
2021-05-25 17:00:00 3.370787 3.370787 4.379544
2021-05-24 17:00:00 8.771930 2.375297 4.311911
2021-05-23 17:00:00 7.951070 7.951070 4.382037

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 2.903917 2.903917 4.856943
2021-05-28 17:00:00 4.704890 4.704890 5.071362
2021-05-27 17:00:00 5.654649 5.654649 5.292941
2021-05-26 17:00:00 6.258941 6.258941 5.588419
2021-05-25 17:00:00 5.873526 5.873526 5.824232
2021-05-24 17:00:00 4.360346 2.011385 5.889422
2021-05-23 17:00:00 7.504846 5.211037 6.152790

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 22.194719 22.194719 13.806079
2021-05-28 17:00:00 9.157509 9.157509 14.066327
2021-05-27 17:00:00 16.608997 16.608997 14.543333
2021-05-26 17:00:00 9.825871 9.825871 15.158915
2021-05-25 17:00:00 13.276956 13.276956 15.315961
2021-05-24 17:00:00 8.852868 8.852868 15.408146
2021-05-23 17:00:00 23.702422 23.702422 16.097751

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 1.158504 1.158504 1.522118
2021-05-28 17:00:00 2.666667 1.435897 1.593068
2021-05-27 17:00:00 1.590909 1.590909 1.655141
2021-05-26 17:00:00 2.094886 2.094886 1.754871
2021-05-25 17:00:00 1.730532 1.730532 1.866330
2021-05-24 17:00:00 3.021148 1.136364 1.954051
2021-05-23 17:00:00 1.519757 1.519757 2.042131

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 6.973374 6.973374 6.228774
2021-05-28 17:00:00 6.206385 5.612472 6.209318
2021-05-27 17:00:00 6.465226 6.465226 6.177134
2021-05-26 17:00:00 5.207610 5.207610 6.273016
2021-05-25 17:00:00 5.530776 5.530776 6.246995
2021-05-24 17:00:00 7.840697 7.840697 6.142460
2021-05-23 17:00:00 5.026399 8.109820 6.084469

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 3.054834 3.054834 4.092173
2021-05-28 17:00:00 4.101935 4.101935 4.211740
2021-05-27 17:00:00 4.330121 4.330121 4.429375
2021-05-26 17:00:00 4.260238 4.260238 4.545803
2021-05-25 17:00:00 3.418124 3.418124 4.639089
2021-05-24 17:00:00 7.531509 3.742172 4.751308
2021-05-23 17:00:00 5.994037 5.994037 4.903926

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 4.304636 4.304636 5.726042
2021-05-28 17:00:00 10.031847 10.031847 5.818559
2021-05-27 17:00:00 3.980100 3.980100 5.893514
2021-05-26 17:00:00 4.915730 4.915730 5.949093
2021-05-25 17:00:00 7.227332 7.227332 6.147197
2021-05-24 17:00:00 5.882353 1.612903 6.072647
2021-05-23 17:00:00 6.451613 6.451613 6.275920

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 12.865497 12.865497 9.136381
2021-05-28 17:00:00 3.361345 3.361345 9.141851
2021-05-27 17:00:00 8.139535 8.139535 9.339458
2021-05-26 17:00:00 7.964602 7.964602 9.562022
2021-05-25 17:00:00 13.548387 13.548387 9.473233
2021-05-24 17:00:00 17.857143 3.496503 9.580701
2021-05-23 17:00:00 8.426966 8.426966 9.645346

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-29 17:00:00 7.197383 7.197383 7.738207
2021-05-28 17:00:00 8.076923 8.076923 7.881609
2021-05-27 17:00:00 8.962963 8.962963 8.029671
2021-05-26 17:00:00 6.052694 9.444444 8.225259
2021-05-25 17:00:00 6.129530 6.129530 8.419079
2021-05-24 17:00:00 11.709602 5.555556 8.413392
2021-05-23 17:00:00 7.319758 7.319758 8.592654

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.334627 5.334627 5.218379
Basilicata 10.747664 10.747664 12.857830
Calabria 5.789990 5.789990 5.330478
Campania 4.015528 4.015528 5.417120
Emilia-Romagna 12.556054 12.556054 11.841527
Friuli Venezia Giulia 3.830645 2.264685 2.197505
Lazio 3.857753 3.857753 3.050712
Liguria 3.687050 3.687050 3.249983
Lombardia 4.187209 4.187209 4.681449
Marche 5.511288 5.511288 6.197062
Molise 0.537634 0.537634 1.333220
P.A. Bolzano 4.857820 4.857820 6.098732
P.A. Trento 3.269755 3.269755 4.159758
Piemonte 2.903917 2.903917 4.856943
Puglia 22.194719 22.194719 13.806079
Sardegna 1.158504 1.158504 1.522118
Sicilia 6.973374 6.973374 6.228774
Toscana 3.054834 3.054834 4.092173
Umbria 4.304636 4.304636 5.726042
Valle d'Aosta 12.865497 12.865497 9.136381
Veneto 7.197383 7.197383 7.738207

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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